إيماناً بأهمية خلق مجتمع معافى من الأمراض والأوبئة، وضع الصندوق على عاتق أهدافه مهمة تعزيز صحة المجتمع عبر برامج التثقيف الصحي وحملات إصحاح البيئة، إلى جانب المشاركة في حملات مكافحة التبغ والمخدرات والإيدز.

       (أ‌)   مشروع محاربة الإيدز:

            المشروع عبارة عن شراكة بين الصندوق صندوق الأمم المتحدة للسكان (UNFPA).

يستهدف المشروع قطاعات المجتمع المختلفة مثل قيادات المجتمع وطلاب المدارس وأندية الشباب وربات البيوت، كما يولي اهتماماً خاصاً بالفئات التي تعتبر أكثر عرضة للإصابة بالإيدز، ويشمل جانب إدماج الإيدز في خدمات الصحة الإنجابية.

وقد شمل المشروع عام 2008م منطقتين:

1.   ولاية كسلا (شرق السودان).

2.  منطقة جبل أولياء (جنوب الخرطوم.

   (ب‌)  مجلة صحتك:

            وفي ذات الإطار، أصدر الصندوق مجلة طبية شاملة يشارك في كتابتها نخبة من الاختصاصيين في مختلف التخصصات الطبية. صدر منها حتى الآن ثلاثة عشر عدداً. وقد بلغ عدد النسخ المطبوعة من كل عدد 5000 نسخة منذ يناير 2008م بمواصفات فنية عالية.

            وقد شاركت المجلة في مؤتمر رابطة الصحافة الإسلامية بصنعاء في الفترة من 20-22 نوفمبر 2008م.